1. для вывода звука в обычных условиях(т.е. проигрыватели, флэш браузера и т.д) - необязательно
использовать джек-сервер. просто в плеере выбираешь драйвер alsa и устройство вывода(причем конкретно
указываешь, какое, а не дефолтное). не все плеера поддерживают джек(вот поэтому я не ставлю
в автозапуск ку-джек или клавдию; надо работать со звуком - запускаю джек-сервер, не надо - останавливаю).
а конкретно у Gnome MPlayer - даже драйвер указывать не надо - просто правильно выбрать уст-во.
т.е. - за вывод звука в системе(без пульсы), отвечает драйвер альса, а джек-сервер помогает музыкантам
связать входы-выходы аудио-миди различных программ и плагинов, и сделать это с минимальной задержкой.
(поэтому, когда ставишь какую-нить прогу(типа проигрывателя) - в синаптике читай описания, поддерживает
эта прога джек-сервер(а есть такие, которые работают только через него) или нет.

гном плеер

2. проигрывание миди - можно в терминале, можно поискать гуй для миди-плеера(я нашел Drumstick Midi Player - в сборке будет).
суть - при запуске во вкладке alsa ку-джека появляется выход миди-плеера. его направляешь на миди-вход
твоего вортекса, а миди-выход вортекса (uart - попробую вместо твоей ямы использовать клавиши корг - суть то одна).
соединяешь с синтезатором ямы. (т.к. яма не по pсi - если умудришься спаять переходник,
то совсем просто должно быть - сразу выход на синт ямы).

3. ты спрашивал про репы: в лине все находится в репозиториях(есть .deb-пакеты(бинарные) и сырцы(source) - мы говорим
про дистрибутивы, основанные на ветке дебиан - есть еще rpm-пакеты для других систем - сюся, федора, альт и т.д).
у тебя подкючены репы минта - а там не все есть для работы со звуком(я не пробовал - но по умолчанию может
даже не быть пакетов ubuntustudio). поэтому приходиться искать и подключать сторонние репозитории
(kxstudio, tangostudio). и только в крайнем случае устанавливать проги по виндовски - искать .deb-пакеты
и как setup.exe их устанавливать(в крайнем - ибо такие проги не будут автоматически обновляться, что
происходит при подключении реп). например - так я ставлю ardourvst3 - из пакетной базы дядьки, который
занимается avlinux, а у них нашел только репу для ядер, хотя есть подозрение, что тот адрес, откуда беру
пакеты, можно использовать в качестве репы(а может нет - пока не разбирался) - ссылку я давал где-то выше.
в дебиане, например, нет в репозитории файрфокса(есть клон - iceweasel), хрома - поэтому приходится
либо подключать репы других дистрибутивов, либо репы самих прог(если они есть).

4. про пути установки - тут для виндузятника по первому времени завал(я сам еще не въехал толком).
но примерно так: есть папки, куда кидаются бинарные файлы(файлы на исполнение)
/bin - системные бинарники, для работы пользователя;
/sbin - системные для суперпользователя(root или для юзера с sudo в убунте и ей подобных)
/usr/bin - бинарники пользователя, им устанавливаемые
/usr/sbin - соответственно, то же, но с правами рута
а также папки
/home/user/.local/share/applications/
/usr/share/applications/                        - тут находятся файлы пользователя, имеющие вид прога.desktop
это файлы описания бинарников.
и непосредственно папки самих прог(но не у всех) - /usr/share   и /home/user/.local/share
папка .local - скрытая, находится в папке пользователя (у меня user - пользователь).
а также папки для конфигов и либ(библиотеки) - сам поищи.
посмотри в нете книжки дениса колиснеченко(щас у себя не найду, но были) про линукс.
про убунту в частности (что-то типа этого http://lib.rus.ec/a/48995 ) - почитай, если охота.